首先，就执法部门职能来看，农业部门职能重点在种子、农药、化肥等农资的业务管理和行政监督上，执法力量较小且分散；工商部门的执法力量强、覆盖面广，但对农产品质量管理不够专业，而且这也不是其主要执法内容，在市场管理中，很难做到质量的事前监督、事中检验、事后跟踪。况且，往往存在部门利益矛盾与工作配合不力的问题。

　　其次，在农产品产地质量管理上，农业部门是执法主体，然而农业执法体系在县区一级很弱而且主要着眼于投入品管理，对产地管理的理论要求与小规模一家一户的生产实际严重脱节，且受执法成本高、基地距离远、生产的自然性等因素制约，即使是对一些种植大户也很难做到监管到位。

　　实际上，在生产中要侧重生产者的自律，主要工作要落在基地建设管理、认证管理和品牌运营等方面，要引导、调动生产者内在的质量管理意识。同时，执法不能作为主要手段，特别在现实的农业生产条件下，产中的执法管理无法具体落实到位，执法的关键环节应当是市场和加工这个层面。所以，要整合工商与农业的执法力量与业务职能，建议适当加强工商部门的质量管理力量，充实人员和执法网络；而农业部门重点为质量检测业务，不再具体参与农产品批发和零售市场的监管。由此，可降低执法费用，消除部门管理盲区，以取得较高的执法效力。

　　再次，在农产品投入管理上，也存在执法管理的不顺和盲区问题。第一，现行的《种子法》、《农药管理条例》、《肥料管理条例》等对农业投入品管理的法规已使用多年，很多内容已不适应现在的市场要求和行政体系职能的分工。第二，农药生产、流通散乱，生产经营者的入市门槛低，生产上就缺乏严格的法律管理制度，更没有严厉的执法力量来监管，流通中仍然存在着多头管理带来的职能交叉和执法盲区问题。第三，肥料的执法也很散乱，农业部门只在复混肥料与有机生态等肥料品种上执法管理，一般的化肥质量执法管理在质量技术部门，也不同程度地是重登记管理、忽视生产质量监管，不少地区的企业甚至可以借用其他企业的登记而常年违法生产，农业执法监管面小，对违法案件的行政处罚力度小，很难与司法衔接，重大案件长时间无法结案。所以，建议加快对农业投入品等法规的修改制定，加大执法力度，尤其是在司法衔接上要明确职责，同时还需理顺执法内容的界定，明确生产环节、流通环节的执法主体，克服断档与重复。

　　需要特别指出的是，县级农业执法亟待加强。农业执法的主要执法力量和业务力量在基层，管理体系要“下重中实上全”———基层需业务强、执法力大；省市级要灵活高效，指导力和协调力强，适当压缩人员，管理事项尽量下移到基层；中央一级要宏观管理，全面综合指导，加大对下级部门的行政监督和业务考查，尽量简化审批职能，将具体项目管理事项下放。总之，构建一个扁平网络的业务指导与行政管理架构较符合农产品质量安全执法实际需要。